In AnthonyDEBUR/tools4DCE: Tools for rivers water quality monitoring

library(tools4DCE)

Ce document explique comment télécharger des indices hydrobiologiques depuis Hubeau, convertir IBMR en EQR, affecter une classe de qualité aux résultats selon la typologie des stations de mesures. Il explique également comment recalculer un IBMR à partir d'une liste floristique.

Chargement de donnees hydrobiologiques depuis Hubeau

A partir de la plateforme Hubeau, on télécharge les données hydrobiologiques disponibles sur la station 04207400.

donnees<-import_hubeau_indices_hbio(liste_stations = c("04207400"), indice="mphy")
str(donnees)

Conversion des notes IBMR en EQR

Le package tools4DCE fournit une table avec les paramètres nécessaires au calcul des EQR selon la typologie de cours d'eau, conformément à l'arrêté ministériel du 25 janvier 2010 modifié.

str(head(base_ref_eqr,3))

Calcul des EQR

Le package contient une fonction pour calculer les EQR.

donnees_IBMR<-donnees%>%subset(CdParametre=="2928" & !is.na(RsAna))
donnees_IBMR$EQR<-sapply(donnees_IBMR$RsAna, function(x){calcule_EQR_hbio(x, CdParametre='2928', typologie="P12-A")})

Graphique des résultats

Le package permet de mettre facilement les résultats sous forme graphique

Création d'un seuil qualité :

seuil_IBMR<-makeSeuils(CdParametre = "2928", type_seuil = "DCE")
graphDCE_points(donnees_IBMR, col_valeurs = "EQR", seuils=seuil_IBMR, ymini=0, ymaxi=1) + ylab("EQR")

Calcul de la classe de qualité correspondant à chaque résultat

Il permet également d'affecter une classe de qualité à chaque résultat.

Création d'un seuil qualité :

donnees_IBMR$CLASSE<-sapply(donnees_IBMR$EQR, function(x){affecte_une_classe(x, seuil_IBMR)})

Chargement des listes floristiques depus Hubeau et recalcule de l'IBMR via le SEEE

Import des listes floristiques

liste_flo<-import_hubeau_liste_hbio(liste_stations = "04207400", indice="mphy")
str(head(liste_flo, 3))

Mise en forme des données

ATTENTION : Naïades et Hub Eau ne fournissent pas à ce jour les pourcentages de recouvrement des faciès. Ils ne permettent donc pas le calcule de l'IBMR sans complément d'information.

liste_flo<-liste_flo%>%subset(libelle_type_resultat=="RecTax")
liste_flo$CODE_OPERATION <-paste0(liste_flo$code_station_hydrobio, "*", liste_flo$date_prelevement)
liste_flo$CODE_STATION <- liste_flo$code_station_hydrobio
liste_flo$DATE <- format(liste_flo$date_prelevement, "%d/%m/%Y")
liste_flo$UR<-liste_flo$code_lot
liste_flo$CODE_TAXON <- liste_flo$code_appel_taxon
liste_flo$RESULTAT <- liste_flo$resultat_taxon
liste_flo$POURCENTAGE_FACIES <-ifelse(liste_flo$UR=="FU", 100, 50)

liste_flo <- liste_flo %>% select(CODE_OPERATION, CODE_STATION, DATE, CODE_TAXON, RESULTAT, UR, POURCENTAGE_FACIES)
liste_flo<-liste_flo%>%subset(!is.na(CODE_TAXON))